协同创新中心于2013年10月26日揭牌成立；于2015年4月3日正式更名为“中国自由贸易试验区协同创新中心”。由上海财经大学牵头、以对外经济贸易大学、南开大学、中山大学、上海交通大学、华东政法大学、上海对外经贸大学、天津财经大学为核心单位所构成。

协同创新中心是上海市首批重点智库、上海市教委重点支持的上海高校智库。中心成立以来，多次中标以“自贸试验区”为主要研究内容的国家社科与自科重大（点）项目，国家商务部、发改委、财政部、教育部等国家部委以及地方政府委托课题，为自贸试验区发展夯实理论基础；深度参与全国自贸试验区负面清单、第三方评估、自贸区法治建设等方面的改革研究工作，多位专家被聘为全国各地自贸区决策咨询专家委员会委员，相关研究成果多次获教育部优秀成果奖（一等奖1项、二等奖1项）、上海市决策咨询研究成果奖（一等奖5项、二等奖2项）；出版的“自贸区系列丛书”入选“十三五”、“十四五”国家重点图书出版规划，中国自由贸易试验区论坛等品牌论坛也在社会形成了巨大的反响。